What are the slice acquisition times for this scan?¶
In [1]:
%pylab inline
import matplotlib.pyplot as plt
Welcome to pylab, a matplotlib-based Python environment [backend: module://IPython.kernel.zmq.pylab.backend_inline]. For more information, type 'help(pylab)'.
We have just acquired some data from our Siemens scanner.
Like nearly all data from the scanner, the data arrives as a DICOM file.
http://en.wikipedia.org/wiki/DICOM
These files are famously complicated, and differ a great deal between manufacturers.
We thought we had acquired our data as ascending slices - that is, slice 0 (in space, the bottom slice) first then slice 1 (in space, the second-from-bottom slice) and so on.
But we believe in documenting our analysis, and reproducible research:
http://reproducibleresearch.net/index.php/Main_Page
At very least we want to be able to show our friends and colleagues that we did it right.
So, we need to show why we think this data set had ascending slice timing. Or some other slice timing - maybe we made a mistake.
The file we need is http://nipy.bic.berkeley.edu/practical_neuroimaging/phantom.MR.phantom.2.1.20091020.172423.14b7atp.dcm . Download to the directory containing this notebook.
Did I mention - DICOM is complicated. Like many complicated things, it is also confusing. Here's a head start.
First we import the library that reads DICOM images in Python. This is to test that we have it.
In [2]:
import dicom
If the above command didn't work, try (from the terminal): easy_install pydicom. Then try import dicom again. Then email the list and / or come to office hours
Now let's look at the DICOM file we have.
In [3]:
fname = 'phantom.MR.phantom.2.1.20091020.172423.14b7atp.dcm'
In [4]:
dcm_data = dicom.read_file(fname)
I believe there is nothing relevant to slice timing in the basic DICOM information, but here is what the basic information looks like:
In [5]:
dcm_data
Out[5]:
(0008, 0005) Specific Character Set CS: 'ISO_IR 100'
(0008, 0008) Image Type CS: ['ORIGINAL', 'PRIMARY', 'M', 'ND', 'MOSAIC']
(0008, 0012) Instance Creation Date DA: '20091020'
(0008, 0013) Instance Creation Time TM: '173048.125000'
(0008, 0016) SOP Class UID UI: MR Image Storage
(0008, 0018) SOP Instance UID UI: 1.3.12.2.1107.5.2.32.35139.2009102017281593700054200
(0008, 0020) Study Date DA: '20091020'
(0008, 0021) Series Date DA: '20091020'
(0008, 0022) Acquisition Date DA: '20091020'
(0008, 0023) Content Date DA: '20091020'
(0008, 0030) Study Time TM: '172423.578000'
(0008, 0031) Series Time TM: '173048.125000'
(0008, 0032) Acquisition Time TM: '172807.690000'
(0008, 0033) Content Time TM: '173048.125000'
(0008, 0050) Accession Number SH: ''
(0008, 0060) Modality CS: 'MR'
(0008, 0070) Manufacturer LO: 'SIEMENS'
(0008, 0080) Institution Name LO: 'AIRC'
(0008, 0081) Institution Address ST: 'None'
(0008, 0090) Referring Physician's Name PN: 'phantom'
(0008, 1010) Station Name SH: 'MRC35139'
(0008, 1030) Study Description LO: 'phantom'
(0008, 103e) Series Description LO: 'ep2d_bold'
(0008, 1050) Performing Physician's Name PN: 'phantom'
(0008, 1070) Operators' Name PN: 'phantom'
(0008, 1090) Manufacturer's Model Name LO: 'TrioTim'
(0008, 1140) Referenced Image Sequence 3 item(s) ----
(0008, 1150) Referenced SOP Class UID UI: MR Image Storage
(0008, 1155) Referenced SOP Instance UID UI: 1.3.12.2.1107.5.2.32.35139.2009102017265699489354071
---------
(0008, 1150) Referenced SOP Class UID UI: MR Image Storage
(0008, 1155) Referenced SOP Instance UID UI: 1.3.12.2.1107.5.2.32.35139.2009102017265987503554075
---------
(0008, 1150) Referenced SOP Class UID UI: MR Image Storage
(0008, 1155) Referenced SOP Instance UID UI: 1.3.12.2.1107.5.2.32.35139.2009102017270275512854079
---------
(0010, 0010) Patient's Name PN: 'phantom'
(0010, 0020) Patient ID LO: 'phantom'
(0010, 0030) Patient's Birth Date DA: '19841020'
(0010, 0040) Patient's Sex CS: 'O'
(0010, 1010) Patient's Age AS: '025Y'
(0010, 1030) Patient's Weight DS: '45.35924277'
(0010, 4000) Patient Comments LT: 'Project: DCMPHANTOM; Subject: PHANTOM003; Session: 1'
(0018, 0020) Scanning Sequence CS: 'EP'
(0018, 0021) Sequence Variant CS: 'SK'
(0018, 0022) Scan Options CS: ['PFP', 'FS']
(0018, 0023) MR Acquisition Type CS: '2D'
(0018, 0024) Sequence Name SH: '*epfid2d1_128'
(0018, 0025) Angio Flag CS: 'N'
(0018, 0050) Slice Thickness DS: '4'
(0018, 0080) Repetition Time DS: '8000'
(0018, 0081) Echo Time DS: '22'
(0018, 0083) Number of Averages DS: '1'
(0018, 0084) Imaging Frequency DS: '123.250707'
(0018, 0085) Imaged Nucleus SH: '1H'
(0018, 0086) Echo Number(s) IS: '1'
(0018, 0087) Magnetic Field Strength DS: '3'
(0018, 0088) Spacing Between Slices DS: '3.9999998910086'
(0018, 0089) Number of Phase Encoding Steps IS: '95'
(0018, 0091) Echo Train Length IS: '1'
(0018, 0093) Percent Sampling DS: '100'
(0018, 0094) Percent Phase Field of View DS: '100'
(0018, 0095) Pixel Bandwidth DS: '1700'
(0018, 1000) Device Serial Number LO: '35139'
(0018, 1020) Software Version(s) LO: 'syngo MR B15'
(0018, 1030) Protocol Name LO: 'ep2d_bold'
(0018, 1251) Transmit Coil Name SH: 'Body'
(0018, 1310) Acquisition Matrix US: [128, 0, 0, 128]
(0018, 1312) In-plane Phase Encoding Direction CS: 'COL'
(0018, 1314) Flip Angle DS: '75'
(0018, 1315) Variable Flip Angle Flag CS: 'N'
(0018, 1316) SAR DS: '0.01874308641789'
(0018, 1318) dB/dt DS: '0'
(0018, 5100) Patient Position CS: 'HFS'
(0019, 0010) Private Creator LO: 'SIEMENS MR HEADER'
(0019, 1008) [CSA Image Header Type] UN: 'IMAGE NUM 4 '
(0019, 1009) [CSA Image Header Version ??] UN: '1.0 '
(0019, 100a) [NumberOfImagesInMosaic] UN: '$\x00'
(0019, 100b) [SliceMeasurementDuration] UN: '32.5'
(0019, 100f) [GradientMode] UN: 'Fast'
(0019, 1011) [FlowCompensation] UN: 'No'
(0019, 1012) [TablePositionOrigin] UN: '\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x11\xfb\xff\xff'
(0019, 1013) [ImaAbsTablePosition] UN: '\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x11\xfb\xff\xff'
(0019, 1014) [ImaRelTablePosition] UN: '0\\0\\0 '
(0019, 1015) [SlicePosition_PCS] UN: '~\xd7o?\x83w\x86\xc031\xc0\xb2`t\x86\xc0R0\x00\xe0ZLT\xc0'
(0019, 1016) [TimeAfterStart] UN: '1.105 '
(0019, 1017) [SliceResolution] UN: '1 '
(0019, 1018) [RealDwellTime] UN: '2300'
(0019, 1028) [BandwidthPerPixelPhaseEncode] UN: '\x85\xebQ\xb8\x1e\xa56@'
(0019, 1029) [MosaicRefAcqTimes] UN: '\xcc\xab\x00\x00\x00D\x91@\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcc\xab\x00\x00\x00>\x92@\x00\x00\x00\x00\x00@O@\xcc\xab\x00\x00\x00.\x93@\x00\x00\x00\x00\x00@_@\xcc\xab\x00\x00\x00(\x94@\x00\x00\x00\x00\x00 g@\xcc\xab\x00\x00\x00\x18\x95@\x00\x00\x00\x00\x00\xf0n@\xcc\xab\x00\x00\x00\x12\x96@\x00\x00\x00\x00\x008s@\xcc\xab\x00\x00\x00\x0c\x97@\x00\x00\x00\x00\x00 w@\x00\x00\x00\x00\x00\xfc\x97@d^\x05\x00\x00\xe0z@\x00\x00\x00\x00\x00\xf6\x98@d^\x05\x00\x00\xc8~@\x00\x00\x00\x00\x00\xe6\x99@2\xaf\x02\x00\x00D\x81@\x00\x00\x00\x00\x00\xe0\x9a@2\xaf\x02\x00\x008\x83@\x00\x00\x00\x00\x00\xd0\x9b@2\xaf\x02\x00\x00\x18\x85@\x00\x00\x00\x00\x00\xca\x9c@2\xaf\x02\x00\x00\x0c\x87@\x00\x00\x00\x00\x00\xba\x9d@2\xaf\x02\x00\x00\x00\x89@\x00\x00\x00\x00\x00\xb4\x9e@2\xaf\x02\x00\x00\xe0\x8a@4T\xff\xff\xff\xa3\x9f@2\xaf\x02\x00\x00\xd4\x8c@\x1a\xaa\xff\xff\xffN\xa0@\x99W\x01\x00\x00\xb4\x8e@\xcc\xab\x00\x00\x00\xc7\xa0@\xcc\xab\x00\x00\x00T\x90@'
(0020, 000d) Study Instance UID UI: 1.2.276.0.7230010.3.1.2.8323329.420.1337202999.953689
(0020, 000e) Series Instance UID UI: 1.3.12.2.1107.5.2.32.35139.2009102017273648788954084.0.0.0
(0020, 0010) Study ID SH: '1'
(0020, 0011) Series Number IS: '2'
(0020, 0012) Acquisition Number IS: '1'
(0020, 0013) Instance Number IS: '1'
(0020, 0032) Image Position (Patient) DS: ['-718.93908584118', '-718.54721593857', '-81.193046569824']
(0020, 0037) Image Orientation (Patient) DS: ['1', '0', '0', '0', '1', '0']
(0020, 0052) Frame of Reference UID UI: 1.3.12.2.1107.5.2.32.35139.1.20091020172610578.0.0.0
(0020, 1040) Position Reference Indicator LO: ''
(0020, 1041) Slice Location DS: '-81.193046569824'
(0028, 0002) Samples per Pixel US: 1
(0028, 0004) Photometric Interpretation CS: 'MONOCHROME2'
(0028, 0010) Rows US: 768
(0028, 0011) Columns US: 768
(0028, 0030) Pixel Spacing DS: ['1.875', '1.875']
(0028, 0100) Bits Allocated US: 16
(0028, 0101) Bits Stored US: 12
(0028, 0102) High Bit US: 11
(0028, 0103) Pixel Representation US: 0
(0028, 0106) Smallest Image Pixel Value US: 0
(0028, 0107) Largest Image Pixel Value US: 4095
(0028, 1050) Window Center DS: '1115'
(0028, 1051) Window Width DS: '3727'
(0028, 1055) Window Center & Width Explanation LO: 'Algo1'
(0029, 0010) Private Creator LO: 'SIEMENS CSA HEADER'
(0029, 0011) Private Creator LO: 'SIEMENS MEDCOM HEADER2'
(0029, 1008) [CSA Image Header Type] UN: 'IMAGE NUM 4 '
(0029, 1009) [CSA Image Header Version] UN: '20091020'
(0029, 1010) [CSA Image Header Info] UN: 'SV10\x04\x03\x02\x01R\x00\x00\x00M\x00\x00\x00EchoLinePosition\x00 {\n \n <ParamBool."IsInlineComposed"> \n \x01\x00\x00\x00IS\x00\x00\x06\x00\x00\x00\x06\x00\x00\x00M\x00\x00\x00\t\x00\x00\x00\t\x00\x00\x00M\x00\x00\x00\t\x00\x00\x0064 \x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00EchoColumnPosition\x00Protocol"" \n 401 ""Step"" \n 402 ""Inlin\x01\x00\x00\x00IS\x00\x00\x06\x00\x00\x00\x06\x00\x00\x00M\x00\x00\x00\t\x00\x00\x00\t\x00\x00\x00M\x00\x00\x00\t\x00\x00\x0064 \x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00EchoPartitionPosition\x00p at the end of the list.\\nPress the - but\x01\x00\x00\x00IS\x00\x00\x06\x00\x00\x00\x06\x00\x00\x00M\x00\x00\x00\t\x00\x00\x00\t\x00\x00\x00M\x00\x00\x00\t\x00\x00\x0032 \x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00UsedChannelMask\x00 ""Defines the composing algorithm to be 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from the queue menu will be used."" \n 424 ""On"" \n 425 ""Off"" \n 426 ""Default"" \n 429 ""Wait for user to start"" \n 430 ""Load images to graphic segments"" \n 431 ""Before measurement"" \n 432 ""After measurement"" \n 433 ""1st segment"" \n 434 ""2nd segment"" \n 435 ""3rd segment"" \n 436 ""All segments"" \n 445 ""Angio"" \n 446 ""Spine"" \n }\n \n <ParamMap.""""> \n {\n \n <ParamLong.""LoadHook""> \n {\n }\n \n <ParamBool.""AlwaysFalse""> \n {\n <LimitRange> { ""false"" ""true"" }\n }\n \n <ParamMap.""DMWL""> \n {\n \n <ParamMap.""Pause""> \n {\n \n <ParamString.""CodeValue""> \n {\n }\n \n <ParamString.""CodingSchemeVersion""> \n {\n }\n \n <ParamString.""CodingSchemeDesignator""> \n {\n }\n \n <ParamString.""CodeMeaning""> \n {\n }\n }\n \n <ParamMap.""Meas""> \n {\n \n <ParamString.""CodeValue""> \n {\n }\n \n <ParamString.""CodingSchemeVersion""> \n {\n }\n \n <ParamString.""CodingSchemeDesignator""> \n {\n }\n \n <ParamString.""CodeMeaning""> \n {\n }\n }\n }\n \n <ParamMap.""MultiStep""> \n {\n \n <ParamBool.""IsMultistep""> \n {\n <Label> ""Multistep Protocol"" \n <Tooltip> ""Enables you to set up a Multistep Protocol."" \n <LimitRange> { ""false"" ""true"" }\n }\n \n <ParamArray.""SubStep""> \n {\n <Label> ""Step"" \n <Tooltip> ""Indicates the number of the current Step of the Multistep Protocol.\\nPress the + button to add a Step at the end of the list.\\nPress the - button to delete the current Step."" \n <Default> <ParamLong.""""> \n {\n <Label> ""x"" \n }\n { }\n \n }\n \n <ParamBool.""IsInlineCompose""> \n {\n <Label> ""Inline Composing"" \n <Tooltip> ""Invokes Inline Composing."" \n <LimitRange> { ""false"" ""true"" }\n }\n \n <ParamBool.""ComposingGroupSwitch""> \n {\n <Visible> ""false"" \n <LimitRange> { ""false"" ""true"" }\n }\n \n <ParamLong.""ComposingGroup""> \n {\n <Label> ""Composing Group"" \n <Tooltip> ""Identifies all Steps that will be composed."" \n <Default> 1 \n <LimitRange> { 1 100 }\n }\n \n <ParamBool.""IsLastStep""> \n {\n <Label> ""Last Step"" \n <Tooltip> ""Defines the last measurement step of a composing function."" \n <LimitRange> { ""false"" ""true"" }\n }\n \n <ParamChoice.""ComposingFunction""> \n {\n <Label> ""Composing Function"" \n <Tooltip> ""Defines the composing algorithm to be used."" \n <LimitRange> { ""Angio"" ""Spine"" }\n }\n \n <ParamBool.""IsInlineCombine""> \n {\n <Label> ""Inline Combine"" \n <Tooltip> ""Save all measurements of the Multistep Protocol into one series."" \n <LimitRange> { ""false"" ""true"" }\n }\n \n <ParamLong.""2DDistCor""> \n {\n }\n \n <ParamLong.""TpPosMode""> \n {\n }\n }\n \n <ParamMap.""Properties""> \n {\n \n <ParamMap.""Reconstruction""> \n {\n \n <ParamBool.""recon_prio""> \n {\n <Label> ""Prio Recon"" \n <Tooltip> ""Enables Prio Recon measurement"" \n <LimitRange> { ""false"" ""true"" }\n }\n }\n \n <ParamMap.""Sound""> \n {\n \n <ParamString.""PreSound""> \n {\n <Label> ""Before measurement"" \n <MinSize> 1 \n <MaxSize> 1000000000 \n }\n \n 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}\n}\n\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00GradientMode\x00\x00\x00\x00\x02\x00\x00\x005\x11\x00\x00\xee\x03\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x02\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x002\x00\x00\x00L\x00\x00\x00\x02\x00\x00\x005\x11\x00\x00\x01\x00\x00\x00SH\x00\x00\x16\x00\x00\x00\x06\x00\x00\x00M\x00\x00\x00\x05\x00\x00\x00\x05\x00\x00\x00M\x00\x00\x00\x05\x00\x00\x00Fast\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00FlowCompensation\x00tr\x00\x00\x08\x00\x00\x8e\x00\x00\x00\x02\x00\x00\x007\x11\x00\x00\xee\x03\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x02\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00CsaP\x01\x00\x00\x00SH\x00\x00\x16\x00\x00\x00\x06\x00\x00\x00M\x00\x00\x00\x03\x00\x00\x00\x03\x00\x00\x00M\x00\x00\x00\x03\x00\x00\x00No\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00PostProcProtocol\x00.\x15\x0e\xb8.\x15\x0e <M\xc8.\x15\x0e\xc8.\x15\x0e10000000\xd8.\x15\x0e\xd8.\x15\x0e <L\x01\x00\x00\x00UT\x00\x00\x1b\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00RFSWDOperationMode\x00\x01\xa0\xa7\xfe\x01\xb0\xa7\xfe\x01\xc0\xa7\xfe\x01\xd0\xa7\xfe\x01\xe0\xa7\xfe\x01\xf0\xa7\xfe\x01\x00\xa8\xfe\x01\x10\xa8\xfe\x01 \xa8\xfe\x010\xa8\xfe\x01@\xa8\xfe\x01\x01\x00\x00\x00SS\x00\x00\x08\x00\x00\x00\x06\x00\x00\x00M\x00\x00\x00\t\x00\x00\x00\t\x00\x00\x00M\x00\x00\x00\t\x00\x00\x00+0 \x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00RFSWDMostCriticalAspect\x00\xf0\xac\xfe\x01\x00\xad\xfe\x01\x10\xad\xfe\x01 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\xb4\xfe\x010\xb4\xfe\x01@\xb4\xfe\x01P\xb4\xfe\x01`\xb4\xfe\x01p\xb4\xfe\x01\x80\xb4\xfe\x01\x03\x00\x00\x00DS\x00\x00\x03\x00\x00\x00\x06\x00\x00\x00M\x00\x00\x00\x0b\x00\x00\x00\x0b\x00\x00\x00M\x00\x00\x00\x0b\x00\x00\x003.20000000\x00\x00\x0b\x00\x00\x00\x0b\x00\x00\x00M\x00\x00\x00\x0b\x00\x00\x000.05364229\x00\x00\x0b\x00\x00\x00\x0b\x00\x00\x00M\x00\x00\x00\x0b\x00\x00\x000.00000000\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00TablePositionOrigin\x00p\xb9\xfe\x01\x80\xb9\xfe\x01\x90\xb9\xfe\x01\xa0\xb9\xfe\x01\xb0\xb9\xfe\x01\xc0\xb9\xfe\x01\xd0\xb9\xfe\x01\xe0\xb9\xfe\x01\xf0\xb9\xfe\x01\x00\xba\xfe\x01\x10\xba\xfe\x01\x03\x00\x00\x00SL\x00\x00\x07\x00\x00\x00\x06\x00\x00\x00M\x00\x00\x00\t\x00\x00\x00\t\x00\x00\x00M\x00\x00\x00\t\x00\x00\x000 \x00\x00\x00\x00\t\x00\x00\x00\t\x00\x00\x00M\x00\x00\x00\t\x00\x00\x000 \x00\x00\x00\x00\t\x00\x00\x00\t\x00\x00\x00M\x00\x00\x00\t\x00\x00\x00-1263 \x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00MrProtocol\x00\x01\x10\xbf\xfe\x01 \xbf\xfe\x010\xbf\xfe\x01@\xbf\xfe\x01P\xbf\xfe\x01`\xbf\xfe\x01p\xbf\xfe\x01\x80\xbf\xfe\x01\x90\xbf\xfe\x01\xa0\xbf\xfe\x01\xb0\xbf\xfe\x01\xc0\xbf\xfe\x01\xd0\xbf\xfe\x01\x01\x00\x00\x00UN\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00MrEvaProtocol\x00\xfe\x01\xc0\xca\xfe\x01\xd0\xca\xfe\x01\xe0\xca\xfe\x01\xf0\xca\xfe\x01\x00\xcb\xfe\x01\x10\xcb\xfe\x01 \xcb\xfe\x010\xcb\xfe\x01@\xcb\xfe\x01P\xcb\xfe\x01`\xcb\xfe\x01p\xcb\xfe\x01\x01\x00\x00\x00UN\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00VFModelInfo\x00 <Label> ""Protocol name"" \n <Default> ""\x01\x00\x00\x00UN\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00\xcd\x00\x00\x00\x00\x00\x00\x00'
(0029, 1160) [Series Workflow Status] UN: 'com '
(0032, 1060) Requested Procedure Description LO: 'phantom'
(0040, 0244) Performed Procedure Step Start Date DA: '20091020'
(0040, 0245) Performed Procedure Step Start Time TM: '172423.640000'
(0040, 0253) Performed Procedure Step ID SH: 'MR20091020172423'
(0040, 0254) Performed Procedure Step Descriptio LO: 'phantom'
(0051, 0010) Private Creator LO: 'SIEMENS MR HEADER'
(0051, 1008) [CSA Image Header Type] UN: 'IMAGE NUM 4 '
(0051, 1009) [CSA Image Header Version ??] UN: '1.0 '
(0051, 100a) [Unknown] UN: 'TA 00.03'
(0051, 100b) [AcquisitionMatrixText] UN: '128p*128'
(0051, 100c) [Unknown] UN: 'FoV 1440*1440 '
(0051, 100e) [Unknown] UN: 'Tra '
(0051, 100f) [CoilString] UN: 'T:HEA;HEP '
(0051, 1011) [PATModeText] UN: 'p2'
(0051, 1012) [Unknown] UN: 'TP 0'
(0051, 1013) [PositivePCSDirections] UN: '+LPH'
(0051, 1016) [Unknown] UN: 'p2 M/ND/MOSAIC'
(0051, 1017) [Unknown] UN: 'SL 4.0'
(0051, 1019) [Unknown] UN: 'A1/PFP/FS '
(7fe0, 0010) Pixel Data OW: Array of 1179648 bytes
A side-note. This is a DICOM mosaic file. A mosaic file is a DICOM file that stores an entire volume in one DICOM file.
http://nipy.sourceforge.net/nibabel/dicom/dicom_mosaic.html
You can see it's a mosaic file because, if you show the data, instead of looking like one single slice (the default for DICOM), you get a "mosaic" of slices.
In [6]:
plt.imshow(dcm_data.pixel_array, cmap='gray')
Out[6]:
<matplotlib.image.AxesImage at 0x105d181d0>
Now load up the nibabel DICOM readers. These extract even more information from DICOMs.
In [7]:
import nibabel.nicom.dicomwrappers as nicw
-c:1: UserWarning: The DICOM readers are highly experimental, unstable, and only work for Siemens time-series at the moment Please use with caution. We would be grateful for your help in improving them
In [8]:
dcm_wrapped = nicw.wrapper_from_data(dcm_data)
In [9]:
dcm_wrapped
Out[9]:
<nibabel.nicom.dicomwrappers.MosaicWrapper at 0x109a72f10>
The plan I recommend is to explore this object, dcm_wrapped for any further information that might be relevant to slice timing. Remember of course that you can have a look for the object attributes with dcm_wrapped. (note the dot at the end) and then
Am I right about my slice timing? How would you document your assumption about slice timing?